El vínculo imperial seguía siendo un problema. En 1926, Hertzog propugnó una fórmula según la cual Sudáfrica seguía siendo miembro de la Mancomunidad Británica sobre la base de paridad legal bajo la Corona. Pero no todos pudieron aceptar esta solución y el problema persistía cuando en 1939 estalló la Segunda Guerra Mundial. Herzog no pudo mantener a Sudáfrica neutral. El Dr. DF Malan y sus nacionalistas "purificados", escindidos de Hertzog en 1934, tomaron la iniciativa y montaron una estridente oposición durante la guerra, aunque dentro de la disciplina del gobierno parlamentario.

En 1948, el Partido Nacional de Malan obtuvo una mayoría de escaños con una minoría de votos. Bajo sucesivos dirigentes como JG Strijdom, Hendrik Verwoerd, BJ Vorster y PW Botha, se mantuvo en el poder hasta 1994, mediante una demostración asombrosamente exitosa de control político, pese a las objeciones en su contra. Para deshacerse de los electores mestizos, pasó por encima de la constitución. En 1961 se separó de la Mancomunidad sin inconvenientes y sin provocar la ira de suficientes electores de habla inglesa como para que estos desafiaran su poder. Sometió al país a una masiva cirugía social, causando graves sufrimientos a las comunidades negras, mientras aumentaba el confort y la seguridad de la minoría blanca. Logró introducir los mecanismos judiciales de un estado policial mediante la ilegaliación de la oposición extra-parlamentaria, pero sin abolir la oposición parlamentaria o la total libertad de prensa. Sobrevivió durante dos décadas la ignominia de aparecer como paria internacional en las Naciones Unidas.